Para eliminar completamente una rama de tu servidor de git (incluyendo el historial), simplemente utiliza el siguiente comando:
git push origin --delete [nombre de la rama]
Luego necesitas ejecutar el siguiente comando en las instancias para eliminar la información de la rama eliminada:
git fetch --all --prune
Si por una razón u otra, necesitas eliminar uno o más archivos de commits anteriores, aquí hay un artículo interesante sobre el tema:
https://help.github.com/articles/remove-sensitive-data/